O LEPAN conta com seis espaços.

Acervo Povos Originários: Destinado ao acondicionamento e conservação de materiais arqueológicos não-orgânicos provenientes de contextos culturais de povos originários sul-americanos (ex: lítico, cerâmica).

Acervo Histórico: Destinado ao acondicionamento e conservação de materiais arqueológicos não-orgânicos provenientes de contextos culturais do período colonial e republicano brasileiro (metais, vidros, cerâmicas, faianças, porcelanas, plásticos etc.)

Acervo Orgânico: Destinado ao acondicionamento e conservação de materiais arqueológicos orgânicos provenientes de quaisquer contextos, tais como remanescentes humanos e artefatos ou remanescentes de ossos, conchas, madeiras e fibras.

Laboratório Molhado: Destinado à limpeza com água (não-destilada) das coleções acondicionadas na RTA.

Laboratório Seco: Destinado à limpeza seca, catalogação e organização das coleções da RTA. Também serve como laboratório para as análises realizadas por pesquisadores visitantes que acessam as coleções do LEPAN.

Escritório e Acervo Documental: Destinado à organização da documentação relacionada às coleções acervadas na RTA.