O LEPAN conta com seis espaços.

Acervo Arqueológico: Povos Originários: Destinado ao acondicionamento e conservação de materiais arqueológicos não-orgânicos provenientes de contextos culturais de povos originários sul-americanos (ex: lítico, cerâmica).

Acervo Arqueológico: Materiais orgânicos: Destinado ao acondicionamento e conservação de materiais arqueológicos orgânicos provenientes de quaisquer contextos, tais como remanescentes humanos e artefatos ou remanescentes de ossos, conchas, madeiras e fibras.

Acervo Arqueológico: Colonial e Pós-Colonial: Destinado ao acondicionamento e conservação de materiais arqueológicos não-orgânicos provenientes de contextos culturais do período colonial e republicano brasileiro (metais, vidros, cerâmicas, faianças, porcelanas, plásticos etc.)

Escritório e Acervo Documental: Destinado à organização da documentação relacionada às coleções acervadas na RTA.

Laboratórios: Destinados à atividades de curadoria e análises realizadas pela equipe e pelos pesquisadores visitantes. O Laboratório Molhado é destinado à limpeza com água (não-destilada) das coleções acondicionadas na RTA enquanto o Laboratório Seco é destinado à limpeza seca, catalogação e organização das coleções da RTA.